金堂、講堂等を中心に、東塔と西塔の2つの三重塔を境内に配す独自の構成は、薬師寺式伽藍配置と呼ばれる。創建当初の姿をとどめる東塔と、朱と緑の極彩色にいろどられた昭和再建の西塔とのコントラストは絶妙な美しさ。また本尊の薬師如来像などの三尊像は、日本の仏教美術の最高傑作のひとつ。※現在「国宝・東塔」は、解体修理中のため拝観していただくことができません。